Vor 3000 Jahren spielten die Ägypter das Spiel der Schatten. Pegasus J. Crawford lies sich inspirieren und erschuff die Duel Monsters.

Yugi ist für sein Alter ziemlich klein und oft dem Spott seiner Mitschüler und Prügeleien ausgesetzt. Seine geheime Wunderwaffe ist das Millennium Puzzle, ein geheimnisumwittertes ägyptisches Medaillon, das er von seinem Großvater, bei dem er aufgewachsen ist, geschenkt bekam. Dieses Medaillon verwandelt Yugi, seitdem er das knifflige Puzzle zusammengesetzt hat, bei Gefahr in sein stärkeres und Respekt einflößendes Alter Ego - Yami Yugi.
Zusammen mit dem Geist des Puzzles besiegt er Seto Kaiba, den
Champion in Duel Monsters. Danach erscheint Pegasus und entführt die Seele von Salomon Motou. Crawford will, dass Yugi auf die Insel der Duelanten kommt. Sein Ziel ist, dass Puzzle zu bekommen. Yugi macht sich mit seinen Freunden Joey,Tristan und Tea auf den Weg,seinen Großvater zu retten. Auf der Insel treffen sie neue Freunde, aber natürlich auch neue Feinde. Joey duelliert sich für seine kleine Schwester Serenity,die eine teure Augenoperatiob braucht um wieder sehen zu können. Es gab viele Schwierigkeiten, die aber am Ende gelöst werden konnten. Yugi besiegte Pegasus.

Die zweite Staffel beschreibt das Turnier in Domino. Kaiba veranstaltet ein Tunier,nachdem er die Idee von Ishizu Ishtar bekam.. Kaiba bekommt von Ishizu eine der mächtigsten Karten in Duelmonsters- Obelisk den Peiniger. Joey nimmt mit Glück auch an dem Tunier teil und nach ein paar Problemen kann er sich auch duellieren. In diesem Moment erscheint  der Bruder Ishizu´s - Marik. Marik ist hinter den Götterkarten her,denn er will Pharao werden.Nach einer Zeit kommt die Seite von ihm zum Vorschein,die noch böser ist.Mit dem Milleniumsstab ist er sehr mächtig.Ausserdem hat er noch einen Ägyptischen Gott - der geflügelte Drache des Rah.
Am Ende wird Marik gut und Yami gewinnt das Battle City Turnier.

Die dritte Staffel dreht sich um Seto Kaiba und seine Familie. Noah taucht auf. Er will die Kaiba Corporation,denn ihm steht sie eigentlich zu.Wegen einem schlimmen Unfall brachte ihn Gozaburou Kaiba in das Cyber Space.Dort sollte er von nun an Leben,da er in der realen Welt nichts mehr tun konnte.Er nimmt Seto und die Anderen gefangen und sperrt sie in das Cyber Space.Nun müssen Yugi und Co. gegen die Big 5 antreten.Am Ende findet Noah herraus das sein Vater ihn nur ausgenutzt hat,deshalb verrät er ihn und hilft Yugi und Co. bei ihrer Flucht.Nachdem wieder alle frei sind,naht das Ende des Battle City Tuniers.Yugi gegen Marik.Nach einem sehr schwierigem Duel schafft es Yami,Marik zu besiegen.Am Ende wird Marik gut und Yami gewinnt das Battle City Turnier.

Die vierte Staffel dreht sich um den Kampf gegen Dartz. Dartz will alle Götter Karten und die Seele des Pharaos.Raphael,Alister und
Yugi´s Seele gerät in dem Besitz von Dartz.Er hatte sich geopfert um den Pharao zu schützen. Die Besitzer der drei legendären Drachen werden Yami, Joey und Kaiba. Am Ende wird Yugi  aus den Händen von Dartz befreit und sie bekehren ihn zum Guten.Dartz kehrt zurück nach Atlantis.

Die fünfte Staffel, die alles besiegelt dreht sich jetzt nur um Yamis und Setos Leben
im alten Ägypten. Hier können wir mehr über alle damaligen Besitzer der Milleniums Gegenstände erfahren. Bakura will sich die Macht unter den Nagel reißen. Zum Glück konnte er
noch mit Hilfe von Yugi und dem Pharao gestoppt werden. Die Geschichte endet mit den letzten Duel, indem sich Yugi gegen Atemu duellieren muss...